医院设有甲状腺外科、泌尿外科、神经外科、胸心外科、骨科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、肾内科、血液内科、感染性疾病科、疼痛科、介入科、神经内科、内分泌科、心血管内科、呼吸与危重症医学科、消化内科、皮肤科、小儿外科、耳鼻咽喉科、妇产科、产前门诊、儿科特需门诊、儿科康复医学科、生殖医学中心、肿瘤内科、放疗科、胃肠外科、肝胆胰外科、微创外科、乳腺外科、肛肠外科、微创脊柱外科、骨伤科、营养科、整形美容外科、临床心理诊室、激光室等临床科室和医技科室。
一、福建省临床重点专科：骨科、呼吸与危重症医学科。
二、莆田市临床重点专科：呼吸与危重症医学科、胸心外科、感染性疾病科、骨科、儿童重症医学科。
一、优势病种：脊柱侧弯、脊柱骨折、骨肿瘤、老年性骨质疏松性骨折、四肢复杂骨折、骨关节创伤、手外伤、哮喘、慢性阻塞性肺疾病、重症肺部感染、COPD、肺癌、各型病毒性肝炎、肝硬化、各种原因引起的肝损害（酒精性、药物性、血吸虫、肝吸虫等）、发热待查、黄疸待查、皮疹待查及各类难治性感染、食管自发性破裂、肝病、肺部肿瘤、食管肿瘤、贲门肿瘤、纵隔肿瘤、胸壁肿瘤。
二、优势技术：椎间盘突出微创手术、人工关节置换术、ＣＤ矫正脊柱侧弯、腰椎后路微创扩张通道下减压及椎间融合、腰椎后路经皮钉内固定、经皮椎体成型、腰椎间盘突出症和椎管狭窄症的后路显微内窥镜（MED）、经皮脊柱内窥镜（椎间孔镜）、低温等离子、骨质疏松性椎体骨折/椎体血管瘤/椎体恶性肿瘤的经皮椎体成型术治疗、腰椎骨折/腰椎滑脱后路微创扩张通道内减压/固定、椎间融合和经皮微创内固定治疗、腰椎结核后路微创扩张通道内病灶清除、椎间融合治疗、内科胸腔镜下胸膜疾病诊治、超声引导下行经支气管针吸活检(EBUS-TBNA)、支气管镜引领的支气管热成形术（BT）、气管镜下气管支架置入术治疗气道狭窄/气管-食管瘘、支气管镜下取异物、肿物活检、肺泡灌洗诊疗、球囊封堵术治疗气胸、气管镜下介入治疗（氩气刀冷冻术、电凝术等）、气管插管呼吸机辅助通气、胸腔穿刺闭式引流术、胸膜活检术、B超或CT引导下经皮肺穿刺活检术、房间隔缺损/室间隔缺损修补术、动脉导管未闭结扎、法乐氏四联征矫治术和其它心内复杂畸形矫治术、心脏瓣膜置换、主动脉夹层切除加人工血管置换术、主动脉环缩、全腔镜下肺癌根治术、食管癌根治术、肺大泡切除术、纵隔肿瘤切除术、漏斗胸矫正术、交感神经节切断术、气管肿瘤切除术。
